Berdasarkan Peraturan Wali Kota Cirebon No 3 Tahun 2026 tentang Kedudukan, Struktur Organisasi, Tugas dan Fungsi, serta Tata Kerja Sekertariat Daerah, Sekertariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah dan Inspektorat Daerah struktur organisasi Sekretariat Daerah Kota Cirebon sebagai berikut.

Susunan Organisasi Sekretariat Daerah Kota Cirebon
Sekretaris Daerah
Asisten Administrasi Umum
Bagian Umum
Sub Bagian Tata Usaha Pimpinan, Staf Ahli dan Kepegawaian
Bagian Organisasi
Bagian Protokol dan Komunikasi Pimpinan
Sub Bagian Protokol
Asisten Perekonomian dan Pembangunan
Bagian Administrasi Pembangunan
Bagian Perekonomian dan Sumber Daya Alam
Bagian Pengadaan Barang dan Jasa
Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat
Bagian Pemerintahan
Bagian Kesejahteraan Rakyat
Bagian Hukum
Kelompok Jabatan Fungsional dan Jabatan Pelaksana